阿拉尔市地处天山南麓，塔克拉玛干大沙漠北缘，阿克苏河与和田河、叶尔羌河三河交汇之处的塔里木河上游，东经80度30分至81度58分，北纬40度22分至40度57分之间。东邻沙雅县，西依阿瓦提县，南、北靠阿克苏市，东北接新和县。东西长130千米，南北宽60千米。总面积4196平方千米，占农一师总面积的65.5％；其中城区规划控制面积879.64平方千米，城市总体规划建设总用地21平方千米。